Marta Prymakowska-Bosak (Instytut Biochemii i Biofizyki PAN)
Kod histonowy

Dominik Gront (Wydział Chemii UW)
Wybrane aspekty modelowania białek w zredukowanej przestrzeni konformacyjnej

Jarosław Śmieja (Instytut Automatyki Politechniki Śląskiej)
Badanie szlaków sygnałowych w oparciu o model matematyczny

Janusz Bujnicki (Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej)
Jak odtwarzać historię ewolucji w nadrodzinach białek w oparciu o analizę sekwencji, struktur i dystrybucji filogenetycznej?

Paweł Górecki (Max Planck Institut Berlin oraz MIM UW)
Ukorzenianie drzew filogenetycznych

Ryszard Rudnicki (Instytut Matematyczny PAN oraz Uniwersytet Śląski)
Czy biologia inspiruje rozwój matematyki i na odwrót?

Witold Rudnicki (ICM UW)
Statystyczna metoda znajdowania ważności atrybutów w systemie informacyjnym na przykładzie analizy lekooporności wirusa HIV

Franciszek Rakowski (ICM UW oraz Wydział Fizyki PW)
Wielokrokowe symplektyczne algorytmy dynamiki molekularnej realizowane w gruboziarnistym modelu pola siłowego UNRES

Jacek Miękisz (MIM UW)
Kiedy Darwin spotka Mendla - Teoria gier w genetyce

M. Dadlez ()
Przypomnienie zadań i oczekiwanych wyników projektu - część projektu realizowana przez IBB/MIMUW (zadania 7–11)

J. Poznański ()
Program analizy ilościowej danych MS (zadania 7, 9, 10)

T. Rubel ()
Program analizy jakościowej widm MS (zadanie 8)

A. Gambin ()
Narzędzia algorytmiczne dla interpretacji i złożonych widm spektrometrycznych (zadanie 11)

J. M. Bujnicki ()
Przypomnienie zadań i oczekiwanych wyników projektu - część projektu realizowana przez IIMCB/WChUW (zadania 1–6)

M. Bochtler ()
Minimal models for molecular replacement (zadania 1, 2)

A. Koliński ()
Oprogramowanie do generowania dużych zbiorów alternatywnych modeli i do budowy modeli z użyciem więzów specyficznych i niespecyficznych (zadania 3, 4)

J. M. Bujnicki ()
Narzędzia do identyfikacji modeli zgodnych z danymi doświadczalnymi i zintegrowany system do budowy i selekcji modeli z użyciem różnorodnych danych doświadczalnych (zadania 5, 6)

J. M. Bujnicki ()
Podsumowanie

Mirosław Dudek (Instytut Fizyki Uniwersytetu Zielonogórskiego)
Modelowanie długości genów

Jacek Jaworski (Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie)
Modna kinaza - rola mTOR w nowotworzeniu i chorobach mózgu

Piotr Zielenkiewicz (Instytut Biochemii i Biofizyki PAN)
Czy sieci oddziaływań białek są bezskalowe?

Andrzej Koliński (Wydział Chemii UW)
Wieloskalowe modelowanie białek

Szymon Kaczanowski (Instytut Biochemii i Biofizyki PAN)
Analiza literatury naukowej za pomocą metod ewolucyjnych i statystycznych

Jacek Błażewicz (Instytut Chemii Bioorganicznej PAN oraz Instytut Informatyki Politechniki Poznańskiej)
O szczepionkach antywirusowych - założenia grantu europejskiego Compuvac

Szymon Kaczanowski (Instytut Biochemii i Biofizyki PAN)
Analiza sieci interakcji za pomocą metod ewolucyjnych

Anna Gambin (Wydział MIM UW)
Metody obliczeniowe w analizie danych spektrometrycznych

Ryszard Rudnicki (IM PAN Katowice)
Modele strukturalne dynamiki populacyjnej

Stanisław Cebrat (Instytut Genetyki i Mikrobiologii U. Wr.)
Modelowanie procesów starzenia i dynamiki populacji metodą Monte Carlo

Jerzy Ostrowski (Klinika Gastroenterologii Centrum Medycznego Kształcenia Podyplomowego i Centrum Onkologii, Warszawa)
Uwarunkowania rozwoju medycyny molekularnej

Maciej Żylicz (Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie)
Onkogen MDM2 jako nowe białko opiekuńcze

Adam Łomnicki (Instytut Nauk o Środowisku UJ)
Dobro gatunku, metapopulacje i dobór grupowy

Maciej Kotliński (Wydział Biologii UW)
Analiza proteomu jądra komórkowego Arabidopsis thaliana

Krzysztof Ginalski (ICM UW)
Przewidywanie struktury oraz funkcji dla niescharakteryzowanych rodzin białkowych

Krzysztof Argasiński (Wydział Biologii i Nauk o Ziemi UJ)
Czy Fisher sie mylił? Nowe spojrzenie na ewolucję proporcji płci w populacji przez pryzmat dynamicznych *dużych* gier

Jacek Koronacki (Instytut Podstaw Informatyki PAN)
Klasyfikacja - problemy z dużym wymiarem danych, nieklasyczne metody

Barbara Jarząb (Centrum Onkologii - Instytut, Oddział w Gliwicach)
Mikromacierze DNA i ich zastosowanie w onkologii

Małgorzata Korbin (Instytut Sadownictwa i Kwiaciarstwa, Skierniewice)
Rola markerów molekularnych w identyfikacji, ustalaniu pokrewieństwa i selekcji pożądanych genotypów roślin sadowniczych

Marek Kimmel (Department of Statistics, Rice University oraz Zakład Inżynierii Systemów Politechniki Śląskiej)
Procesy gałązkowe, analiza fluktuacji i model mutacji w raku piersi

Jacek Miękisz (MIM UW)
Teoria gier i dynamika populacji

Bożena Kamińska (Instytut Biologii Doświadczalnej PAN im. Nenckiego)
Od wzorów ekspresji genów do modelowania procesów biologicznych w prawidłowym i patologicznym mózgu

Adam Liwo (Uniwersytet Gdański, Wydział Chemii)
Zastosowanie pola siłowego UNRES do badania dynamiki zwijania białek

Dariusz Wrzosek (Uniwersytet Warszawski, Wydział MIM)
Dlaczego zagęszczenia danego gatunku Daphnia są w różnych jeziorach niemal takie same? Model matematyczny drapieżnictwa ze strukturą wiekową

Janusz Bujnicki (Lab. Bioinfo & Prot. Eng., IIMCB)
Otwarcie

Michał Gajda (Lab. Bioinfo & Prot. Eng., IIMCB)
Discrimination of protein models based on theoretical analyses or experimental retraints

Marcin Pawłowski (Lab. Bioinfo & Prot. Eng., IIMCB)
MetaMQAP - przewidywanie lokalnej jakości teoretycznych modeli białka

Michał Piętal (Lab. Bioinfo & Prot. Eng., IIMCB)
PROTMAP2D - standalone software for calculation, visualization, and comparison of protein contact maps

Andrzej Koliński (Wydział Chemii UW)
New compuational tools for structure analysis and evaluation

Dorota Plewczyńska (Wydział Chemii UW )
Rapid determination of protein structures using sparse NMR data and the CABS lattice model

Matthias Bochtler, Grzegorz Chojnowski (Lab. Struct. Biol., IIMCB)
Minimal models for molecular replacement - Determining helix orientation

Michał Dadlez (IBB PAN )
LC-MS experiment in proteomics

Jarek Poznański (IBB PAN)
MS raw data processing

Tymon Rubel (IBB PAN)
MascotScan

Janusz Dutkowski, Marta Luksza (Wydział MIM UW)
Automated processing of LC-MS datasets

Jacek Błażewicz (Instytut Chemii Bioorganicznej PAN oraz Instytut Informatyki Politechniki Poznańskiej)
Mapowanie genomu - modele, złożoność

Andrzej Kierzek (Instytut Biochemii i Biofizyki PAN)
Efekty stochastyczne w dynamice sieci reakcji biochemicznych

Adam Bobrowski (IM PAN, Oddział w Katowicach i Politechnika Lubelska)
Matematyczne aspekty nowego modelu ekspresji genów w organizmach

Jan Komorowski (Centrum Bioinformatyki im. Linneusza, Uppsala)
Modelowanie fenomenów biologicznych z danych masowych

Michał Dąbrowski (Instytut Biologii Doświadczalnej PAN im. Nenckiego)
Porównawcza analiza ekspresji i obszarów regulatorowych genów

Adam Bobrowski (IM PAN, Oddział w Katowicach i Politechnika Lubelska)
Matematyczne aspekty nowego modelu ekspresji genów w organizmach

Dariusz Grzebelus (Akademia Rolnicza w Krakowie, Katedra Genetyki, Hodowli i Nasiennictwa)
Roślinne ruchome elementy genetyczne

Ryszard Rudnicki (Instytut Matematyczny PAN, Oddział w Katowicach)
Od indywidualnego zachowania osobników do modeli strukturalnych

Piotr Zielenkiewicz (Instytut Biochemii i Biofizyki PAN oraz Wydział Biologii UW)
Analiza ewolucyjna interaktomu drożdży S. cerevisiae