W obszarze zainteresowania Centrum znajdują się wszelkie przedsięwzięcia naukowe realizowane przez zespoły badawcze stosujące matematykę i pracujące w szeroko rozumianych naukach przyrodniczych, społecznych, ekonomicznych lub technicznych. 

Do zadań Centrum należy:

a) organizowanie, koordynowanie i realizowanie badań w zakresie zastosowań matematyki prowadzonych w Instytucie Matematycznym PAN oraz pozyskiwanie na tę działalność odpowiednich środków finansowych,

b) stymulowanie nowych kierunków badań w dyscyplinach związanych z kierunkami działalności Centrum,

c) organizacja interdyscyplinarnych seminariów i przyciąganie do współpracy specjalistów z innych dziedzin nauki,

d) organizowanie, prowadzenie i wspomaganie kształcenia matematycznego specjalistów z innych niż matematyka dyscyplin naukowych.
 

Swoje zadania Centrum realizuje przez:

a) organizowanie zespołów badawczych do realizacji zadań badawczych finansowanych ze środków na działalność statutową Instytutu Matematycznego PAN,

b) organizowanie zespołów badawczych, których działalność będzie oparta o granty przyznawane przez instytucje krajowe i europejskie oraz środki pozyskiwane ze współpracy z ośrodkami naukowymi i podmiotami gospodarczymi,

c) organizowanie konferencji i warsztatów naukowych związanych z działalnością badawczą Centrum,

d) współpracę z podmiotami publicznymi i prywatnymi w obszarach związanych z tematyką badawczą Centrum. 

Działalnością Centrum kieruje Kierownik Centrum, który jest powoływany i odwoływany przez Dyrektora Instytutu Matematycznego PAN. 

Dyrektor Instytutu Matematycznego PAN na wniosek Kierownika powołuje Radę Centrum, która jest organem doradczym Kierownika Centrum, skupiającym specjalistów z ważnych działów zastosowań matematyki.